ATAC-seq 分析入门

从实验设计与质量检查到开放染色质峰，再学习差异可及性及其解释边界。

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1. ATAC-seq 入门（一）：先设计比较，再看质量控制

   面向 bulk paired-end ATAC-seq，先理清生物学重复、参考文件、批次与质控口径，再决定数据能否进入差异分析。

2. ATAC-seq 入门（二）：从 FASTQ 到可审计的峰集合

   使用固定版本 nf-core/atacseq 理解 bulk 双端数据的处理链，区分片段峰识别与切点分析，并练习正确解释 FRiP。

3. ATAC-seq 入门（三）：从统一区域计数到差异可及性

   用纯教学矩阵练习样本匹配与片段计数检查，理解 bulk ATAC-seq 的统一峰集合、批次设计、归一化假设和差异结果的解释边界。

生物信息学基础

围绕输入、质量与输出理解流程，先建立概念再选择工具。

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1. 从 FASTQ 到表达矩阵：生物信息学流程在做什么

   用一张概念地图理解测序数据如何经过质控、比对或定量，最终成为可以分析的表达矩阵。

2. 生物信息学质控报告应该怎么看

   从单个指标、样本间比较和下游影响三个层次阅读测序数据质控报告。

3. 生信方法入门：把 RNA-seq 学习项目整理成可以复查的目录

   从纯教学计数表开始，分离输入与结果，检查样本元数据、记录配置及校验值，建立可复查的项目骨架。

研究与学习方法

围绕同一个主题连续阅读；以下目录由文章的 series 字段自动更新。

1. 我如何整理一篇论文

   不复述摘要，而是沿着问题、证据和边界整理一篇公开论文。

2. 科研工作流中的一些小习惯

   用简单、稳定的目录和记录方式，让一次公开练习可以被未来的自己重新运行。

3. 从零开始记录自己的学习

   给还没有定型的知识和想法一个可以继续更新的结构。

深度学习基础

连接张量、梯度与实验评价，不让模型训练成为黑箱。

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1. 深度学习入门：训练循环到底发生了什么

   从张量、前向传播、损失、反向传播和参数更新理解一个最小训练循环。

2. 深度学习学习笔记：过拟合与模型评估

   从训练集、验证集和测试集的职责出发，理解过拟合、数据泄漏与可靠评估。

3. 深度学习学习笔记：按个体划分数据，避免评估被信息泄漏污染

   用纯模拟数据搭建按个体分组的训练、验证和测试流程，检查预处理边界，并用验证集选择模型。

非影像深度学习与DNA：92篇论文逐图解读

围绕同一个主题连续阅读；以下目录由文章的 series 字段自动更新。

1. 1.DeepSEA：原图、模型逻辑与研究范式

   深入读懂DeepSEA：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

2. 2.HumanSplicingCode：原图、模型逻辑与研究范式

   深入读懂HumanSplicingCode：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

3. 3.ExPecto：原图、模型逻辑与研究范式

   深入读懂ExPecto：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

4. 4.ASDNoncodingBurden：原图、模型逻辑与研究范式

   深入读懂ASDNoncodingBurden：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

5. 5.SpliceAI：原图、模型逻辑与研究范式

   深入读懂SpliceAI：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

6. 6.Enformer：原图、模型逻辑与研究范式

   深入读懂Enformer：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

7. 7.EVE：原图、模型逻辑与研究范式

   深入读懂EVE：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

8. 8.AlphaMissense：原图、模型逻辑与研究范式

   深入读懂AlphaMissense：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

9. 9.PrimateAI-3D：原图、模型逻辑与研究范式

   深入读懂PrimateAI-3D：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

10. 10.Borzoi：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Borzoi：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

11. 11.GET：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GET：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

12. 12.AlphaGenome：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂AlphaGenome：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

13. 13.NucleotideTransformer：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂NucleotideTransformer：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

14. 14.Evo2：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Evo2：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

15. 15.scGen：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scGen：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

16. 16.Geneformer：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Geneformer：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

17. 17.GEARS：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GEARS：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

18. 18.scGPT：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scGPT：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

19. 19.scFoundation：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scFoundation：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

20. 20.CPA：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CPA：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

21. 21.biolord：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂biolord：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

22. 22.State：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂State：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

23. 23.P-NET：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂P-NET：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

24. 24.DrugCell：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DrugCell：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

25. 25.DeepDEP：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepDEP：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

26. 26.CODE-AE：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CODE-AE：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

27. 27.Sturgeon：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Sturgeon：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

28. 28.crossNN：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂crossNN：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

29. 29.MutationProjector：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂MutationProjector：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

30. 30.DeepTCR：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepTCR：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

31. 31.DeepTCR-Immunotherapy：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepTCR-Immunotherapy：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

32. 32.Halicin：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Halicin：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

33. 33.Abaucin：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Abaucin：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

34. 34.ExplainableAntibiotics：原图、模型逻辑与研究范式

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35. 35.GENTRL-DDR1：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GENTRL-DDR1：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

36. 36.TNIK：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂TNIK：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

37. 37.Rentosertib：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Rentosertib：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

38. 38.TxGNN：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂TxGNN：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

39. 39.AntitoxinDesign：原图、模型逻辑与研究范式

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40. 40.CARGrammar：原图、模型逻辑与研究范式

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41. 41.CellTargetingCRE：原图、模型逻辑与研究范式

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42. 42.AKIPrediction：原图、模型逻辑与研究范式

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43. 43.PancreaticCancerPrediction：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PancreaticCancerPrediction：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

44. 44.NYUTron：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂NYUTron：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

45. 45.Delphi2M：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Delphi2M：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

46. 46.ArrhythmiaDNN：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ArrhythmiaDNN：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

47. 47.AI-ECG：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂AI-ECG：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

48. 48.EAGLE：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂EAGLE：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

49. 49.ParkinsonBreathing：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ParkinsonBreathing：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

50. 50.SleepFM：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂SleepFM：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

51. 51.RL-DITR：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂RL-DITR：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

52. 52.SCFM-ZeroShot：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂SCFM-ZeroShot：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

53. 53.PerturbationLinearBaselines：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PerturbationLinearBaselines：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

54. 54.CalibratedPerturbationMetrics：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CalibratedPerturbationMetrics：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

55. 55.DeepBind：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepBind：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

56. 56.DeepSTARR：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepSTARR：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

57. 57.Sei：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Sei：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

58. 58.Akita：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Akita：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

59. 59.Orca：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Orca：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

60. 60.scBasset：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scBasset：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

61. 61.scooby：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scooby：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

62. 62.CREsted：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CREsted：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

63. 63.TaskiranEnhancerDesign：原图、模型逻辑与研究范式

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64. 64.YeastRegulatoryDNA：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂YeastRegulatoryDNA：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

65. 65.PARM：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PARM：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

66. 66.SegmentNT：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂SegmentNT：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

67. 67.GPN-MSA：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GPN-MSA：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

68. 68.gReLU：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂gReLU：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

69. 69.Basset：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Basset：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

70. 70.Basenji：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Basenji：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

71. 71.BPNet：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂BPNet：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

72. 72.DanQ：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DanQ：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

73. 73.Puffin：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Puffin：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

74. 74.seq2PRINT：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂seq2PRINT：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

75. 75.C-Origami：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂C-Origami：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

76. 76.DeepMEL：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepMEL：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

77. 77.DeepMEL2：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepMEL2：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

78. 78.DeepCpG：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepCpG：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

79. 79.DNABERT：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DNABERT：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

80. 80.GPN：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GPN：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

81. 81.Evo：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Evo：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

82. 82.EvoSemanticDesign：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂EvoSemanticDesign：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

83. 83.DeepC：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepC：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

84. 84.TissueEnhancerDesign：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂TissueEnhancerDesign：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

85. 85.BE-Hive：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂BE-Hive：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

86. 86.inDelphi：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂inDelphi：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

87. 87.PersonalExpressionBenchmark-Sasse：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PersonalExpressionBenchmark-Sasse：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

88. 88.PersonalTranscriptome-Huang：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PersonalTranscriptome-Huang：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

89. 89.SegmentNT-ContextBias：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂SegmentNT-ContextBias：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

90. 90.PersonalExpressionFineTuning：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PersonalExpressionFineTuning：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

91. 91.ChromBPNet：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ChromBPNet：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

92. 92.ProCapNet：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ProCapNet：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

Linux for Bioinformatics

从安全操作文件开始，再认识文本流、进程与可复现的环境。

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1. Linux 应用基础：文件、目录与常用命令

   从路径、文件操作和文本查看开始，建立 Linux 命令行的基本心智模型。

2. Linux 应用基础：管道、进程与环境

   理解标准输入输出、管道、进程和环境变量，让多个小命令组成可靠工作流。

3. Linux 脚本安全实践：让一个小脚本可检查、可失败、可重跑

   用只处理临时教学目录的 Bash 小练习，理解引用、输入校验、错误处理、pipefail 与日志边界。

学习与思考

围绕同一个主题连续阅读；以下目录由文章的 series 字段自动更新。

1. 理解，还是收藏：怎样判断知识真的留下来了

   收藏提供入口，理解带来判断。用解释、改变条件与最小练习，检查一段知识是否真的可以复用。

2. 读论文的思路：从一个问题走到一条可检查的证据链

   用三轮阅读与一份可复制模板，把研究问题、实验方法、关键证据、解释边界和复现入口连起来。

3. 给结论留一点空间：关于证据和不确定性的阅读笔记

   观察、推断和因果解释需要不同的证据。用假设案例讨论实验单位、阴性结果和阅读时可执行的检查步骤。

Bulk RNA-seq 分析入门

从样本元数据和 FASTQ 定量出发，建立可信的差异表达分析与功能解释。

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1. Bulk RNA-seq 分析入门（一）：从实验设计、FASTQ 到可信的计数表

   先弄清实验单位、重复和批次，再准备样本表与匹配的参考文件，用固定版本的 nf-core/rnaseq 理解 FASTQ 到基因计数的完整流程。

2. Bulk RNA-seq 分析入门（二）：DESeq2 设计公式、对比与差异表达

   用官方 airway 公开计数数据练习配对 DESeq2 分析，检查样本匹配与设计矩阵，区分统计检验、效应量、FDR 和 log2FC 收缩。

3. Bulk RNA-seq 分析入门（三）：QC 图、功能富集与有边界的解释

   承接 airway 差异表达练习，绘制样本 QC 与探索图，明确 ORA 背景和 GSEA 排序输入，避免把富集、聚类或显著性过度解释为机制。